פערים בתפיסות, בהנחות ובאומדנים המתגלעים בסיטואציות השונות משחקים תפקיד חשוב בסכסוכים. לאלה נוספות השפעות מבחוץ, כמו תהליכים ההופכים באמצעות הגלובליציה ללא רק כלכליים אלא גם לפוליטיים. כל זאת נכון גם לסכסוך הישראלי-פלסטיני. הפרויקט 'הפער התיאורטי כמרכיב בסכסוכים פוליטיים ובפתרונם' מתמקד בחיפוש אחר היבטים בסכסוך הזה, העשויים להחמיר את הבעיות במזרח התיכון או לספק להן פתרונות וחוקר בהתאמה אילו תיאוריות מדעיות יכולות מבחינה עקרונית לתרום להבנת המבנים של סכסוכים מסוג זה ולחשיבה על דרכים אפשריות להתערבות בהם.

הפרויקט מניח אבן יסוד להרחבה והעמקה ארוכת טווח של מערכת הקשרים בין קרן הסן לחקר סכסוכים ושלום והאוניברסיטה בירושלים. שיתוף הפעולה בין שני המוסדות כולל גם כנסים משותפים וחילופין של חוקרות וחוקרים במסגרת תכניות פוסט-דוק. המטרה ברורה: ליצור אפשרות לתרום לפתרונות של אתגרים דחופים שעל סדר היום מנקודת מבט מחקרית ומדעית, כאלה הדורשים ניתוח מעמיק מעבר למה שהפוליטיקה היומיומית מסוגלת להציע.
 
'הפער התיאורטי כמרכיב בסכסוכים פוליטיים ובפתרונם' הינה תכנית מחקרית במסגרת שיתוף הפעולה בין קרן הסן לחקר סכסוכים ושלום והמחלקה ליחסים בינלאומיים באוניברסיטה העברית בירושלים. הפרויקט יתקיים בין ה-1 לאוקטובר, 2012 וה-31 לאוקטובר, 2013.